در همان جلسه ، و درباره نحوه انتخاب اعضای شورا اختلاف نظری بین نمایندگان به وجود آمد و یکی از نمایندگان پیشنهاد کرد: «چه ملاکی دارد که آن پنج نفر یا شش نفر فقهای عادل از طرف رهبر انتخاب می‌شوند و این شش نفر حقوقدان از طرف مجلس انتخاب می‌شوند؟ همین ترتیبی را که در حقوق ‌دانان قایل شده اید، همین ترکیب را هم درآن مسأله قایل شوید تا نقطه ضعفی ایجاد نکند، یعنی رهبر ده نفر، دوازده نفر یا عده بیشتری را معرفی می‌کند و مجلس شورای ملی از میان آن ها که همه موردتأیید رهبر و کاندیدا هستند، پنج نفر یا شش نفر را انتخاب بکند» البته درنهایت مقرر شد که انتخاب فقهای شورای نگهبان برعهده رهبری گذاشته شود. یکی از نگرانی های دیگر نمایندگان درمورد نحوه تعامل این شورا و مجلس درآینده بود. ازجمله طاهری گرگانی تذکر داد: «شورای نگهبان در برابر نمایندگان قرار نگیرد که هرروز مرتب رد کند و همان مسأله قیم که تذکر داده شد پیش بیاید… همراه بودن این ها با مجلس هیچ اشکالی ندارد، به علت اینکه این ها فقط به انطباق وعدم انطباق توجه دارند» طاهری معتقد بود که شورای نگهبان نیز درحین برگزاری جلسات مجلس حضور یابد و در همان‌جا نظرات خود را بیان کند.

در همین جلسه ، وقتی مسأله نظارت شورای نگهبان برانتخابات وهمه پرسی نیز مطرح شد، آیت الله بهشتی دلیل واگذاری این مسئولیت را دور بودن شورای نگهبان از مسائل اجرایی مطرح کرد. او گفت: «ما مسأله ای داریم ، به عنوان همه پرسی و مراجعه به آرای عمومی و همچنین انتخاب رئیس جمهور که چیزی است شبیه همه پرسی و چون انتخاب به وسیله عموم ملت و به طور مستقیم است در این موارد خواسته شده که نظارت بر این قسمت صرفاً در اختیار دولت و یا رئیس جمهور فعلی نباشد، بلکه یک مقام مقننه ای یعنی یک مقامی که دور از مسائل اجرایی و دور از حب و بغض هایی است که در اجرا پیدا می شود او هم براین قسمت نظارت کند».
در ادامه جلسه وقتی یکی از نمایندگان پرسید: «رئیس جمهور را چه کسی کاندیدا می‌کند؟ اگر شورای نگهبان کاندیدا می‌کند پس نظارت در آنجا به معنی موافقت و مخالفت معنی ندارد» بهشتی به وی پاسخ داد: «شورای نگهبان هیچ وقت نمی تواند کاندیدا تعیین کند». در عین حال جعفر سبحانی، دیگر نماینده مجلس بررسی نهایی قانون اساسی نیز معتقد بود: «گماردن این افراد بر انتخاب رئیس جمهور و یا بر رفراندوم که نظارت کنند تا تقلب نشود، آیا این کار از این ها برمی آید که بردوششان می گذاریم یا باید فکر دیگری کرد؟ من فکر می کنم این کار از شورای نگهبان برنمی آید».

قضیه «دور»

اما اصل ۹۸ قانون اساسی نیز ابتدا در جلسه شصت ودوم مطرح شد که طبق آن تفسیر قانون اساسی برعهده شورای نگهبان گذاشته شد، لیکن این اصل در آن جلسه رأی نیاورد. در جلسه بعد این جمله نیز برآن اصل افزوده شد که تفسیر قانون اساسی با تصویب سه چهارم اعضای آن شورا انجام می شود و ‌به این ترتیب این اصل با ۴۹ رأی موافق، ۴ مخالف و ۶ ممتنع تصویب شد.

در سال ۱۳۶۸ شورای بازنگری در قانون اساسی، نظارت بر انتخابات مجلس خبرگان رهبری را نیز به مسئولیت های این شورا اضافه کرد. در این شورا اعتراضهایی نیز ‌به این مسأله که شورای نگهبان منتخب رهبر، ناظر بر انتخابات خبرگان رهبری باشد، صورت گرفت. از جمله عبدالله نوری بحث «دور» را مطرح کرد و گفت: «من فکر می کنم این یک ‌دور است که ما می زنیم. یعنی رهبر، فقهای شورای نگهبان را انتخاب می‌کند، فقهای شورای نگهبان کسانی هستند که صلاحیت منتخبین رهبری را تأیید می‌کنند، من فکر می کنم که اگر بحث این باشد که همه خوبیم و همه عادلیم و همه با تقواییم اصلاً این ها را نیازی نیست. شما قانون می نویسید برای آنجایی که ممکن است خدای ناخواسته در معرض خطا باشیم. ما می آییم می گوییم رهبر، فقهای شورای نگهبان را می‌گذارد، خدای نخواسته کسانی را می‌گذارد که منتخبین آن ها اورا انتخاب بکنند. این اشکال است».
با وجود این اعضای شورای بازنگری، نظارت بر انتخابات خبرگان را نیز برعهده شورای نگهبان گذاشتند و این شورا که از شش عضو فقیه به انتخاب رهبری و شش عضو حقوقدان به پیشنهاد رئیس قوه قضائیه و تصویب مجلس تشکیل می شود، قدرتمندترین نهاد نظارتی در قانون اساسی شد.

اولین اعضای شورای نگهبان در جمهوری اسلامی حدود ۲۳ روز پیش از برگزاری انتخابات مجلس شورای ملی در دوره اول، توسط رهبر فقید انقلاب معین شدند. ایشان در روز اول اسفند ۱۳۵۸ طی حکمی، حضرات آیات عبدالرحیم ربانی شیرازی، لطف الله صافی، احمد جنتی، غلامرضا رضوانی، محمدرضا مهدوی کنی و یوسف صانعی را به عنوان فقهای شورای نگهبان تعیین کردند. انتخابات مجلس، اواخر اسفند ۵۸ برگزار شد و هفتم خرداد ۱۳۵۹ اولین مجلس جمهوری اسلامی افتتاح شد. پس از بررسی اعتبارنامه نمایندگان که حدود یک ماه طول کشید، در تاریخ ۲۹/۴/۵۹ نمایندگان مجلس از میان حقوقدانانی که شورای عالی قضایی به مجلس معرفی کرده بودند، شش تن؛ حسین مهرپور، گودرز افتخار جهرمی، محسن هادوی، مهدی هادوی، علی آراد و محمدصالحی را برای عضویت در شورای نگهبان برگزیدند و ‌به این ترتیب با مشخص شدن اعضای این شورا، مجلس وظیفه قانون گذاری خود را آغاز کرد و در اولین مصوبه خود که به شکل دوفوریتی مطرح شد، نام مجلس را که در قانون اساسی، مجلس شورای ملی تعیین شده بود به مجلس شورای اسلامی تغییر داد؛ این مصوبه با وجود مخالفتی که با قانون اساسی داشت به تصویب شورای نگهبان نیز رسید.

پس از آغاز به کار مجلس، زمان زیادی نگذشت که اختلافهای شورای نگهبان و مجلس نیز نمایان شد. در ابتدای کار از آنجا که هنوز مرکز اختلافها و کشمکش ها در حوزه قوه مجریه و ریاست جمهوری ابوالحسن بنی صدر متمرکز شده بود و همه کوشش نیروهای در جهت مقابله با این رقیب به کار می‌رفت، اختلاف نهادهایی چون مجلس و شورای نگهبان که در برابر رقیب مشترکی قرارداشتند، چندان نمایان نمی شد. رهبر فقید انقلاب یک روز پس از تکمیل اعضای شورای نگهبان و در دیدار با آنان گفت: «شما باید ناظر بر قوانین مجلس باشید و باید بدانید که به هیچ وجه ملاحظه نکنید، باید قوانین را بررسی نمایید، صددرصد اسلامی باشد، به هیچ وجه گوش به حرف عده ای که می خواهند دسته کوچک مردم، خوششان بیاید و به اصطلاح مترقی هستند، ندهید. قاطعانه با این گونه افکار مبارزه کنید. خدا را در نظر بگیرید. اصولاً آنچه که باید در نظر گرفته شود، خدا است نه مردم. »

حق تشخیص ضرورت برای مجلس

• هاشمی رفسنجانی (مجلس اول ): شورای نگهبان علی رغم همکاری و صفایشان بی زحمت و دردسر برای مجلس نبودند؛