با توجه به اینکه اندازه قطعه حدود ۱۵۰۰ نوکلئوتیدی موردنظر بوده است، و کلون­های مشاهده شده تفاوتی ندارند، یکی از کلون­ها برای تعیین توالی انتخاب شد. تأیید استخراج پلاسمید با ژل آگارز ۱% صورت گرفت.

( اینجا فقط تکه ای از متن فایل پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )

۴-۴-بررسی تعیین ترادف پلاسمید حاوی ژن PCR جدایه UTMC2299
پس از استخراج DNA ژنومی، واکنش PCR بوسیله پرایمرهای ۹F و ۱۵۴۱ جهت تکثیر ۱۶srDNA با بهره گرفتن از DNA ژنومی انجام شد. طول قطعه ۱۶srDNA به دست آمده و در حدودbp 1500 می­باشد، که حاکی از درست بودن واکنش PCR در تکثیر ۱۶srDNA بوده است. توالی نوکلئوتیدی ۱۶srDNA باکتری جداسازی شده در این پروژه و نتایج حاصل از بررسی همولوژی به­دست آمده با کمک نرم افزار Chromas pro خوانده شده است.
GAGTTTGATCATGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCCGACGTGAAAGGGGAGCAATCCCCCGGTAGGGTGGCAAACGGGTGAGTAAGACATGGGTGATCTACCCTGGAGATGGGGATATCCCTCCGAAAGGGGGGGCAATACCGAATAGAGTCCGGTTCCGTGAAGGGGACCGGGGAAAGGGAGGCCTCTGGAACGAGCTTCCGCTCCTGAATGAGCCCATGGCCCATCAGCTAGTTGGTAGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCTGGTCTGAGAGGACAACCAGCCACACTGGCACTGAGACACGGGCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAACGCCGCGTGTGGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACCACTTTTGCCCGGGACGAAAAGGGGCGTCAGAATACGGCGCTTCGATGACGGTACCGGGAGAATAAGCCACGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACAGAGGTGGCAAGCGTTGTTCGGAGTTACTGGGCGTAAAGAGTCTGTAGGTGGTTTGTCAAGTCTTTGGTGAAAGGCCGTGGCTTAACCATGGGAATGCCAAAGAGACTGGCAGACTGGAGGCTGGGAGAGGGAAGCGGAATTTCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCAGAAGGAAGGCCGGTGGCGAAGGCGGCTTCCTGGAACAGGCCTGACACTGAGAGACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGGGTACTAAGTGTGGGAGGGTTAAACCTCCCGTGCCGCAGCCAACGCAGTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGTGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATACCGCGAGTAGGGAACTGAAAGGGGACCGACCGGTTCAGTCCGGAAGCGGAACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTTGGGTTCAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTCTGTTGCCACCGGGTCATGCCGGGCACTCTGAGGGGACTGCCAGCGACAAGTTGGAGGAAGGAGAGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGCCCAGGGCCACACACGTGCAACAATGGCCGGTACAGACGGATGCGAGACCGAGAGGTGGAGCAAATCCGAGAAAGCCGGTCCCAGTTCGGATTGAGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGTATCAGCACGACGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTCTGTTGTACCTGAAGTCGGTGCCCCAACCGGAAACGGAGGGAGCCGCCCAAGGTATGGCCGGTAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAG
این نوکلئوتیدها در بانک ژنی از نظر تطابق با کمک سایتEZ- taxon biocloud مقایسه شده و مشخص گردید که باکتری مورد نظر با شباهت۳۴/۹۸ درصدی باکتری Leptospirillum ferriphylum می­باشد.
بررسی شباهت باکتری با باکتری­ های مشابه EZ- taxon biocloud بررسی شد و نتایج آن مطابق با جدول زیر می­باشد.
جدول ۴-۳) میزان تشابه باکتری جدا شده با سویه­های مشابه

Name Strain Author Accession Pairwise similarity (%) Diff/
total nt		 Complte (%)
Leptospirillum ferriphilum AtCC 49881 Coram and rawling 2002 AF356829 ۹۸٫۳۴ ۲۵/۱۵۰۶ ۱۰۰
Leptospirillum ferrooxidans L15(T) (ex markosyan 1972) Hippe 2000 X86776 ۹۲٫۹۰ ۱۰۵/۱۴۷۹ ۱۰۰
Nitrospira defluvii   Spieck et al.2006 DQ059545 ۸۲٫۹۲ ۲۵۵/۱۴۹۳ ۱۰۰
Nitrospira moscoviensis NSP M1(T) Ehrich et ai.2001 X82558
موضوعات: بدون موضوع  لینک ثابت