مناطق نمونه برداری شده تعداد کل نمونه­ها تعداد نمونه­های آلوده درصد آلودگی

گالیکش ۲۴ ۷ ۲۹.۱
مینودشت ۱۲ ۵ ۴۱.۶
آزادشهر ۴۰ ۱۱ ۲۷.۵
گرگان ۳۳ ۱۵ ۴۵.۴۵
علی آباد ۳۰ ۱۵ ۵۰
کردکوی ۳۱ ۱۷ ۵۴.۸

همان گونه که از جدول ۴-۱ بدست می آید منطقه کردکوی با ۵۴.۸ درصد فراوانی آلودگی بیشترین میزان آلودگی را به PVY در بین مناطق دیگر در سال زراعی ۹۱ نشان داد. مناطق علی آباد، گرگان، مینودشت، گالیکش از نظر فراوانی آلودگی به ویروس Y سیب زمینی در رتبه ­های بعدی قرار گرفتند.
شکل ۴-۴ نتایج تست سرولوژیک نمونه های آلوده به pvy درسطح مناطق مختلف استان
۴-۳ مطالعات گلخانه ای
ظهور علائم به صورت نقاط کلروتیک و روشن پراکنده در سطح برگ­های تازه تشکیل شده بود که به تدریج به موزائیک، نکروز رگبرگ، پیسک، روشنی رگبرگ، پیچش حاشیه برگ و در نهایت در برخی میزبان­ها نکروز شدید را به همراه داشت. مرگ سلول­های آبکشی و عدم انتقال شیره پرورده و مواد غذایی به سلول­های پارانشیم برگ باعث ضعف گیاه شده و در نتیجه مقاومت گیاه را به شدت کاهش داده و همین امر منجر به مرگ برخی گیاهان شد.
علائم ایجاد شده بر روی گیاه N. samsun علاوه بر علائم فوق حالت نکروز رگبرگی و موزائیک بود که در نهایت منجر به لکه­های نکروتیک شد (اشکال ۴-۴ تا۴-۱۰). هرچند برخی ایجاد آلودگی برروی گیاه نکردند یا علائم بسیار خفیف بود. شاید دلیل این امر را واکنش گیاه، نوع نژاد ویروس یا پایین بودن غلظت ویروس در گیاه دانست.
شکل ۴-۵- نکروز و موزائیک برروی گیاه توتون رقم سامسون بوسیله تلقیح PVY
شکل ۴-۶- ایجاد موزائیک و بوسیله ویروس Y سیب زمینی
شکل ۴-۷- ایجاد نکروز رگبرگ بوسیله PVY
۴-۵- نتایج آزمون RT-PCR
پس از تعیین ترادف­­­های بدست آمده در تکثیر توسط آغازگر­های اختصاصی ترادف­ها با اطلاعات موجود در GenBank در پایگاه اطلاعاتی NCBI و برنامه BLAST مقایسه شدند و صحت ویروسی بودن قطعات و شباهت آنها به ترادف­های PVY موجود در GenBank تایید شد.
استفاده از آغازگرهای اختصاصی PVY باعث تکثیر قطعاتی با اندازه‌۹۹۰ نوکلئوتیدی از ناحیه CP شدند (شکل ۴-۱۲).
شکل ۴-۸- نتایج آزمون PCR در ژل آگارز ۱% با بافر TBE. سمت چپ: مارکر DNA. چاهک آلوده به PVY. قطعه ای به اندازه ۹۹۰ نوکلئوتید تکثیر شده است.
این ترادف­ها با ترادف سایر جدایه­های PVY موجود در بانک ژن توسط برنامه Clustal X همردیف و مقایسه شد و مشابهت نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی بین آنها در برنامه MegAlign محاسبه شد. درخت فیلوژنتیکی حاصل از همردیف سازی ترادف­ها توسط برنامه MEGA5 به روش Neighbor-joining با متد Kimura-2 بدست آمد و به وسیله نرم افزار Treeview نیز مشاهده شد (Kumar et al. 2004). در این تجزیه­ها ویروس موزاییک موزاییک کوتولگی ذرت (maize dwarf mosaic virus,MDMV) به عنوان Outgroup استفاده شد.
برای مقایسه جدایه­هایPVY ایران با یکدیگر و با سایر جدایه­های دنیا از ترادف نوکلئوتیدی ژن CP استفاده گردید. ابتدا آنالیز ژن CP موجود از جدایه­ های PVY بر حسب کشور منشاء بطور جداگانه صورت گرفت و از بین جدایه­های با مشابهت بالا تعدادی انتخاب شد (NCBI) و در نهایت برای ۵۰ جدایه از PVY ایران به همراه تعدادی از جدایه های سایر نقاط دنیا درخت فیلوژنتیکی بدست آمده و تجزیه شد.

( اینجا فقط تکه ای از متن فایل پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )

شکل۴-۹- دندروگرام (درخت­واره) حاصل از گروهبندی ایزوله­های توالی­یابی شده در این آزمایش به همراه ایزوله­ها و استرین­های ایرانی موجود در بانک ژن که به روش Parsimony Maximum-در نرم افزار MEGA5 به دست آمده است.

موضوعات: بدون موضوع  لینک ثابت